A la hora de verificar un sitio en la Search Console (ex Herramientas para Webmasters) las opciones son varias y en el centro de ayuda de Google se explican en detalle.
Si ya tienes tu sitio dado de alta, es posible que alguna vez hayas visto el siguiente mensaje:
Significa básicamente que Google recomienda verificar los sitios con más de un método como si se tratase de un backup o respaldo.
Imagina que verificas tu sitio con el archivo HTML y un día se elimina por error, lo que sucederá es que el sitio quedará sin verificar ya que Google comprueba cada cierto tiempo si la verificación utilizada se mantiene activa.
Esto puede generar algunos problemas porque se perdería el acceso a esa Propiedad y se dejarían de recibir notificaciones. Para evitarlo se recomienda utilizar más de un método al mismo tiempo por si alguno falla.
Cabe mencionar que los datos estadísticos que ofrece la herramienta no se pierden en caso de quedar el sitio sin verificar, pues estos se comienzan a recopilar de forma automática desde el primer momento que se agrega la Propiedad a la Search Console.
Hay que tener en cuenta además las versiones que se verifican, no es lo mismo el dominio con y sin las www al principio o con el protocolo http y https, aunque el contenido que se vea sea el mismo en todas estas variantes, técnicamente cada una de ellas es como un sitio diferente.
Es recomendable agregarlas a todas en la Search Console para monitorearlas y no perderse de ningún mensaje, pero no hay que olvidar que los datos estadísticos actualizados siempre se mostrarán en la versión preferida o aquella que se encuentre indexada en los resultados.